A reabilitação dos dois pavilhões históricos Rainha D. Amélia e D. António de Lencastre estava prevista na segunda fase das obras de ampliação do Hospital Sousa Martins, entretanto protelada.
No âmbito desta empreitada, os edifícios seriam intervencionados de forma a poderem acolher o Centro Bioclimático, o Museu da Saúde e o Centro de Investigação e Monitorização da Qualidade do Ar. A empreitada, orçada em 59 milhões de euros, foi adjudicada ao consórcio Hagen/Edifer em maio de 2011 pelo Conselho de Administração da Unidade Local de Saúde da Guarda, então presidido por Fernando Girão, mas os trabalhos foram metidos na gaveta devido à crise. A segunda fase consistia ainda na requalificação dos edifícios hospitalares construídos na década de 50 e de um bloco construído em 1997, onde funcionam atualmente as Urgências do Sousa Martins. Nestes dois blocos deveriam ficar instalados os serviços de Cardiologia, Cirurgia de Ambulatório, Ginecologia, Medicina Interna, Medicina Física e de Reabilitação, Obstetrícia, Pediatria, Pneumologia, Psiquiatria e as Urgências Pediátrica e Obstétrica.
Conforme noticiou O INTERIOR em janeiro de 2013 (ver edição de 2/01/2013), a reprogramação da segunda fase foi apresentada em junho e implica a redução da área a intervencionar e menos investimento. A empreitada vai multiplicar-se em mais três e custará cerca de menos de metade do inicialmente previsto, uma vez que a área a intervencionar será consideravelmente menor. Na altura, Ana Manso, que presidia ao CA, terá deixado claro que considerava prioritárias as três primeiras fases: a abertura do novo pavilhão, a adaptação do edifício onde funcionam atualmente as Urgências, Consultas Externas, Cirurgia, Imagiologia e Ortopedia, bem como a requalificação da ala esquerda do pavilhão central, mais antigo.
O restante – ala direita deste edifício e recuperação dos pavilhões centenários do antigo sanatório – ficariam para mais tarde, nas quarta e quinta fases, sendo, por isso, menos prioritários. Esta opção implicaria reduzir o investimento total inicialmente previsto de 124 milhões (19 dos quais para equipamento) para 58 milhões de euros, ou seja, um corte superior a 50 por cento. O problema é que só a primeira fase custou cerca de 52 milhões, pelo que sobram cerca de seis milhões para o resto quando estavam previstos – e foram adjudicados – cerca de 60 milhões em obra ao consórcio.
