A licenciatura em Medicina iniciou-se no ano letivo 2001/02, passou a mestrado integrado no ano letivo de 2006-2007 mantendo a estrutura curricular inicial de seis anos e encontra-se atualmente no seu décimo ano de funcionamento.
Já a licenciatura em Ciências Biomédicas é ministrada desde o ano letivo 2005/06, encontrando-se no seu sétimo ano de funcionamento, e o mestrado integrado em Ciências Farmacêuticas é ministrado há cinco anos desde o ano letivo de 2006/07. O mestrado em Ciências Biomédicas iniciou-se no ano letivo de 2008/2009 decorrendo a sua terceira edição.
O Doutoramento em Medicina começou em 2008 e em Biomedicina em 2009. De referir ainda as licenciatura em Optometria – Ciências da Visão e o mestrado em Optometria em Ciências da Visão, que decorrendo em estreita ligação com o Departamento de Física, da Faculdade de Ciências da UBI, são ambos cursos da FCS.
