Em final de mandato, o Bispo da Guarda é novamente acusado de proteger um padre alegadamente envolvido em casos de abusos sexuais de menores. Depois de não ter comunicado às autoridades as suspeitas que recaíam sobre o vice-reitor do Seminário do Fundão, condenado por esse crime, D. Manuel é agora acusado de manter em funções um sacerdote que está a ser investigado por abusos. Uma decisão incompreensível e que contraria as orientações do Papa Francisco e as medidas tomadas pelas dioceses de Lisboa, Vila Real ou Évora.