No ranking do ensino secundário são contabilizados os 8 exames com mais alunos inscritos: três do 12º ano (Português, Matemática A e História A) e cinco do 11º ano (Biologia e Geologia, Física e Química A, Geografia A, Filosofia e Matemática Aplicada às Ciências Sociais). São apenas contabilizados os exames feitos na primeira fase, por alunos que frequentaram a escola o ano inteiro e pelos alunos autopropostos a exame, mas que estiveram na escola praticamente todo o ano.
Segundo o Ranking de Melhores Escolas 2016, elaborado pelo PÚBLICO e pela Católica Porto Business School, a Escola Secundária de Pinhel é a melhor escola do distrito da Guarda. No ranking geral ocupa a posição 115, com um média correspondente a 11,15 valores, num total de 141 provas realizadas. Em comparação ao ano 2015 (355.º lugar), a escola do concelho de Pinhel registou uma subida de 240 lugares e a média geral aumentou 0,94 valores.
De seguida, encontra-se a Escola Secundária Afonso de Albuquerque (Guarda) com uma média de 10,96 valores. No ranking geral, encontra-se no 137.º lugar e regista uma subida de 47 posições em relação ao ano anterior. Apesar da diferença de média em relação ao ano 2015 não ser significativa, a Escola Afonso de Albuquerque registou uma descida na média de uma décima.
Em terceiro lugar, com uma média de 10,84, está a Escola Básica n.º 2 de Manteigas. No ranking geral, ocupa a posição 165 e, das três melhores escolas, foi aquela que subiu mais lugares de um ano para o outro, tendo em conta que em 2015 se encontrava posicionada no 581.º lugar. Em 2015, tinha uma média de 7,72 valores, registando assim um grau de sucesso bastante elevado.
Já no distrito de Castelo Branco, a Escola Secundária Nuno Álvares é a primeira. Ocupa o 52.º lugar no ranking geral, com uma média de 11,96 (uma diferença de 0,81 em relação à primeira escola do distrito da guarda). Em segundo lugar encontra-se a Escola Básica e Secundária Pedro da Fonseca, de Proença-a-Nova, que regista uma média de 11,23 valores. Ocupa, no ranking geral, a 110 posição. Em comparação ao ano de 2015, no qual ocupava o 186.º lugar, registou uma subida de 76 posições. De seguida está a Escola Secundária da Sertã, que ocupa a 139 posição no ranking geral. Com um total de 261 provas realizadas, conseguiu uma média de 10,94 valores e registou uma descida de 0,06 décimas em comparação ao ano de 2015.
