A FCS estabeleceu protocolos de articulação pedagógica e científica com as Faculdades de Medicina da Universidade Katyavala Bwila, Benguela, Angola e Universidade Católica, Beira, Moçambique.
Existem, também, acordos bilaterais, no âmbito do programa de mobilidade Erasmus, com as Universidades de Barcelona, Charles de Praga, e de Dublin. Foram efetuados aditamentos a protocolos de colaboração entre a UBI e a Fundação Universidade Regional de Blumenau (Brasil), Universidade Federal de Pernambuco (Brasil) e Universidade de Macau.
A FCS integra a AMSE – Association of Medical Schools in Europe, ORPHEUS – Organisation for PhD Education in Biomedicine and Health Sciences in the European System e é membro da AMEE – Association for Medical Education in Europe e da Associação Europeia de Escolas de Ciências Farmacêuticas.
